В 1962 году в Институте философии АН СССР защитил диссертацию на соискание учёной степени кандидата философских наук по теме «Развитие брачно-семейных отношений в условиях социализма и в период строительства коммунизма».
С 1977 года является научным сотрудником сектора философии религии Института философии РАН, занимаясь религиоведческими вопросами.[2]
В 2006 году в Институте философии РАН защитил диссертацию на соискание учёной степени доктора философских наук по теме «Нетрадиционные религии в современной России (системно-аналитический подход)».
Получил известность за разработку «нового теоретико-методологического подхода к изучению нетрадиционных религий», морфологической типологии новых религиозных движений, критику «редукционизма в понимании религии и построении морфологической теории религии». Разработал ряд новых религиоведческих концепций: «Метаморфы сакральной веры (типология религиозной метафизики)», «Архетипы сакрального сознания и деятельности», «Тройственная позиционная типология религий».
Балагушкин Е. Г. Нетрадиционные религии в современной России : системно-аналитический подход / Диссертация ... доктора философских наук :. — М.: ИФ РАН, 2006. — 350 с.
Монографии
Балагушкин Е. Г.Социальная сущность семьи. — М.: «Знание», 1969.
Балагушкин Е. Г. Сущность и нравственная основа семьи. — Душанбе: Изд-во Ирфон". 1974. (в соавторстве).
Балагушкин Е. Г. Воспитательная работа в студенческом общежитии. — М.: Изд-во МГУ. 1979. (в соавторстве).
Балагушкин Е. Г. Нетрадиционные религии в капиталистических странах Запада и их влияние на молодежь. — М.:Изд-во МГУ, 1980.
Балагушкин Е. Г. Критика современных нетрадиционных религий (истоки, сущность, влияние на молодежь Запада). — М.: Изд-во МГУ, 1986.
Балагушкин Е. Г. Критика идеологии и практики современного кришнаизма. — М.: Знание, 1984.
Балагушкин Е. Г. Новые религиозные движения и секты. Учебно-методическая разработка лекции (в соавторстве). — М., 1993.
Балагушкин Е. Г. Нетрадиционные религии в современной России. Ч. 1. — М.: ИФ РАН, 1999.
Балагушкин Е. Г. Дискурсы эзотерики (философский анализ) / Отв. ред. Л. В. Фесенкова . — М: Эдиториал УРСС, 2001. — С. 220-227. — 240 с. — ISBN 5-8360-0302-5
Балагушкин Е. Г. Нетрадиционные религии в современной России. Ч. 2. — М.: ИФ РАН, 2002.
Балагушкин Е. Г. Проблемы морфологического анализа религий. — М.: ИФ РАН, 2003.
Балагушкин Е. Г. Мистицизм в современной России: Теория. Основные представители. — М.: Либроком, 2013. — 232 с. — ISBN 978-5-397-03665-8
Балагушкин Е. Г. Общество сознания Кришны (кришнаиты, вайшнавы) // Религии народов современной России: Словарь / М. П. Мчедлов (отв. ред.), Аверьянов Ю.И., Басилов В. Н. и др. / 2-е изд., испр. и доп.. — М: Республика, 2002. — С. 314 — 316. — 624 с. — 4000 экз. — ISBN 5-250-01818-1
Балагушкин Е. Г., Религиозный плюрализм в современной России: новые религиозные движения на постсоветском этапе // Мир России. — 2006. — Т. 15. — № 2. — С. 62-78.
Балагушкин Е. Г. ISBN 978-5-8291-1084-0
Балагушкин Е. Г. Сущность и структурное разнообразие мистики // 2072-8662.
↑Адриан (Пашин), иеромонах А. Р. Фокин: «Нельзя разделять единую святоотеческую традицию на восточную и западную» // Богослов.ru, 16.02.2009 г. (bogoslov.ru/text/print/383404.html)
2. «Тайное знание» для всех Глава 21. Движение «Нью эйдж» Раздел седьмой. Культы «Новой эры»(книги «Сектоведение. Тоталитарные секты. Опыт систематического исследования». (Издание 3-е, переработанное и дополненное) — Нижний Новгород.:Издательство братства во имя св. князя Александра Невского,2002 г.)
Knorre B. K. Netraditsionnye Religii v Sovremennoy Rossii [Non-Traditional Religions of Contemporary Russia]. Еvgeny Balagushkin, auth. Part I. Moscow: Institute of Philosophy – Russian Academy of Sciences, 1999, 244 pp. Paperback 6 $ ISBN 5-201-02012-7; Part II. Moscow: Institute of Philosophy – Russian Academy of Sciences, 2002, 248 pp. Paperback 5 $. ISBN 5-201-02094-1 // Alternative Spirituality and Religion Review. — 2011. — Т. 2. — № 2. — С. 376—379.