В Кубке России играли и провели свои фактические матчи только клубы, прошедшие лицензирование и допущенные ПФЛ к играм чемпионата страны. Команды «Башсельмаш» (Нефтекамск) и ЭВМ (Рузаевка), участники предыдущего первенства 1991 года, не получили лицензии ПФЛ. Команды «Маккаби» (Москва) и «Олимпия» (Кирово-Чепецк) также не были допущены к соревнованиям ПФЛ. Команда «Заря» (Калуга) преобразована в «Турбостроитель», «Знамя» (Арзамас) преобразована в «Торпедо». На момент жеребьёвки их судьба была не определена, и в сетке Кубка оба клуба записаны в разных парах под разными названиями. Все недопущенные команды были сняты с игр Кубка России, а их соперники получили технические победы.
Также из 115 команд второй лиги 6 команд: «Ритм» (Белгород), «Ротор»-д (Волгоград), «Текстильщик»-д (Камышин), «Мосэнерго» (Москва), «Ангара» (Богучаны) и «Политехник-92» (Барнаул) на момент жеребьевки Кубка отказались в нём играть.
Опасаясь за безопасность команды (см. Первая чеченская война), руководство «Спартака» приняло решение не ехать на матч в Грозный. Начальник спортивного общества «Спартак» Николай Старостин перед заседанием КДК РФС предлагал перенести матч на нейтральное поле и взять на себя все расходы. Однако клубу засчитали поражение, но, вопреки регламенту, не стали дисквалифицировать на следующий розыгрыш Кубка[4].
↑Игра была сыграна, но из-за нарушения регламента соревнований результат матча был аннулирован и команде «Шахтёр» (Шахты) было засчитано техническое поражение.
↑Игра была сыграна, но из-за нарушения регламента соревнований результат матча был аннулирован и команде «Титан» (Реутов) было засчитано техническое поражение
↑«Спартак» Москва. Официальная история 1922-2002. — С. 411. — ISBN 5-902215-01-3