По итогам сезона в Суперлиге команда впервые завоевала серебряные медали, самый лучший результат из новосибирских команд в игровых видах спорта в сезоне 2011/12. Лучшим бомбардиром стал универсал Умберто — 27 голов в 17 играх (0,8 гола за игру). В розыгрыше Кубка России дошла до четвертьфинала, где уступила «Газпром-Югре».
Хронология событий
• 26 июля — 8 августа 2012 г. Прошёл учебно-тренировочный сбор в Португалии, где команда сыграла с клубом второй португальской лиги "Burinhosa" – 4:0 (Покотыло (2), Дунец, Шуша)
• 19 августа 2012 года МФК «Сибиряк» ознакомила болельщиков с ценовой политикой на билеты в сезоне 2012/13: на один матч от 180 до 250 рублей в зависимости от категории матча, абонементы — от 2 500 до 3 500 рублей.
• 21 — 25 августа 2012 г. МФК «Сибиряк» участвовал в розыгрыше Кубка Урала (Екатеринбург): «Кайрат» - 3:4 (А.Плахов, Рафаэль, Н.Плахов), «Синара» - 2:6 (Умберто, Канивец), «Тюмень» - 2:5 (Умберто, Малышев), «Ямал-НУБК» - 3:2 (Тимощенков, Покотыло, Умберто), «Норильский никель» - 0:3. Николай Плахов был признан лучшим защитником.
• 14 — 17 сентября 2012 г. команда «Сибиряк» в Алматы сыграла три товарищеских матча: «Кайрат» - 8:3 (Шуша (3), Чудинов, Тимощенков, Рафаэль, Умберто, Н.Плахов), 5:4 (Умберто (2), А.Плахов, Н.Плахов, Шуша), «БТА Футзал» - 10:3 (Тимощенков (2), Котляров (2), Канивец (2), Умберто, Рафаэль, Покотыло, Петров).
• 13 - 16 ноября 2012 г. команда в Москве провела товарищеские игры: «Газпром-Югра» - 2:6 (Малышев, Покотыло), «Мытищи» - 1:0 (Умберто), «КПРФ» - 1:0 (Умберто)
• 16 декабря 2012 г. «Сибиряк» решил расстаться с двумя игроками основного состава, на трансфер выставлены Артём Чудинов и Рафаэль[1].
• 26 января 2013 г. «Сибиряк» подписал контракт с бразильским унивесалом Пишот («Крона»)
• 30 января 2013 г. Руководство клуба приняло решение отстранить Темура Алекберова от занимаемой должности главного тренера клуба. Временно исполняющим обязанности главного тренера назначен Евгений Куксевич[2].
• 14 и 15 апреля 2013 г. команда «Сибиряк» в Алматы сыграла два товарищеских матча с «Кайрат»: 3:4 (Пишот, А.Плахов, Котляров) и 6:4 (Канивец (2), Котляров, Рафаэль, Шуша, Тимощенков)
• 14 мая 2013 г.МФК «Дина» направил в РФС протест на участие в четвертьфинальной серии игрока "Сибиряка" Рафаэля, который был в декабре 2012 года отзаявлен, но затем в мае 2013 года не заявлен[3].
• 3 июня 2013 г. Контрольно-дисциплинарный комитет РФС отказал МФК «Дине» в его иске против "Сибиряка"[4].
• 9 июня 2013 г. «Сибиряк» завершил сезон проиграв «Тюмени» в третьем матче за 3-е место, где новосибирская команда проиграла серию 0-3. Итоговый результат в чемпионате России сезона 2012/13 — 4-е место.
• 13 июня 2013 г. ПМФК "Сибиряк" принял решение расстаться с бразильским специалистом Жоао Карлосом Барбозой[5].
• 1 августа 2013 года болельщики "Сибиряка" по итогам голосования на официальном сайте клуба признали универсал Умбертолучшим игроком сезона. На втором месте — Сергей Покотыло, 3-е место у Леонида Климовского[6]