Гонсалес завершил свою карьеру футболиста в возрасте 20 лет, в ходе которой играл лишь на любительском уровне. Свою тренерскую карьеру он начинал в клубе «Алавес» из своего родного города, с 1994 года работая с молодёжной командой. В 1997 году Начо Гонсалес возглавил вторую команду «Алавеса».
В 2004 году Гонсалес был назначен главным тренером клуба «Реус Депортиу», который под его руководством добился выхода в Сегунду B по итогам сезона 2004/05. В сезоне 2005/06 «Реус Депортиу» занял 17-е место в своей группе, вылетев обратно в Терсеру, боровшись за сохранение места в лиге до последнего тура[1].
В июне 2007 года Гонсалес возглавил другой каталонский клуб «Сант-Андреу», также выступавший в то время в Терсере[2]. Команда под его руководством с первой попытки добилась выхода в Сегунду B, а четыре года спустя после назначения Начо Гонсалес был уволен из-за финансовых проблем в клубе[3].
14 июня 2012 года Начо Гонсалес был назначен главным тренером «Алавеса»[4], который по итогам сезона 2012/13 выиграл свою группу в Сегунде B и, одолев «Реал Хаэн» в плей-офф, вышел в Сегунду. 7 июня 2013 года Начо Гонсалес продлил свой контракт с клубом[5][6].
3 декабря 2013 года Гонсалес был уволен после неудачного старта в Сегунде. 1 июня следующего года он вернулся в «Реус Депортиу», выступавший тогда в Сегунде B[7].
8 июня 2015 года Гонсалес заключил с клубом новый четырёхлетний контракт[8]. В сезоне 2015/16 «Реус Депортиу» вышел в 1/16 финала Кубка Испании, где уступил мадридскому «Атлетико», а также выиграл свою группу в Сегунде B и играл в плей-офф. Одолев там сантандерский «Расинг» по сумме двух встреч 4:0, «Реус Депортиу» впервые в своей истории добился выхода в Сегунду[9].
11 июня 2017 года Начо Гонсалес подписал двухлетний контракт с другим клубом Сегунды «Реал Сарагоса»[10].
Dramático descenso de un Reus que se hunde tras ponerse con 1-0 (Dramatic relegation of Reus which sinks after taking an 1-0 advantage) Wayback Machine; Mundo Deportivo, 29 мая 2006 (исп.)
Natxo González ficha por el Sant Andreu (Natxo González signs with Sant Andreu) Wayback Machine; Mundo Deportivo, 27 июня 2007 (исп.)
Natxo González deixarà el Sant Andreu a final de temporada (Natxo González will leave Sant Andreu at the end of the season) Wayback Machine; BTV Notícies, 13 мая 2011 (каталан.)
Nacho González es el nuevo entrenador del Alavés (Nacho González is the new manager of Alavés) El Correo, 14 June 2012 (исп.)
Natxo González renueva con el Alavés (Natxo González renews with Alavés) Marca, 7 июня 2013 (исп.)
Felipe da la primera victoria de la temporada (Felipe provides first victory of the season) Wayback Machine; Marca, 16 августа 2013 (исп.)
CF Reus. 'Natxo González, segunda parte' (CF Reus. 'Natxo González, part two') Wayback Machine; Diari de Tarragona, 1 июня 2014 (исп.)
Natxo González seguirá al frente del CF Reus (Natxo González will remain ahead of CF Reus) Wayback Machine; Diari de Tarragona, 8 июня 2015 (исп.)
El Reus logra por primera vez el ascenso a Segunda (Reus reach for the first time the promotion to Segunda) Wayback Machine; Marca, 29 мая 2016 (исп.)
El técnico Natxo González, nuevo entrenador del Real Zaragoza (Manager Natxo González, new manager of Real Zaragoza) Wayback Machine; Real Zaragoza, 11 июня 2017 (исп.)
Regional Preferente Alavesa 1992–93(исп.). Futbolme. Дата обращения: 21 января 2018. Regional Preferente Alavesa 1994–94 (исп.). Futbolme. Дата обращения: 21 января 2018. Архивировано 14 марта 2017 года.
Tercera División (Grupo 4) 1997–98(исп.). Futbolme. Дата обращения: 21 января 2018. Tercera División (Grupo 4) 1998–99 (исп.). Futbolme. Дата обращения: 21 января 2018. Fase de ascenso a Segunda División B 1998–99 (Grupo B3) (исп.). Futbolme. Дата обращения: 15 декабря 2017. Natxo González: José Ignacio González Sáenz: Matches 1999–00 (неопр.). BDFutbol. Дата обращения: 21 января 2018. Архивировано 15 декабря 2017 года.
Tercera División (Grupo 5) 2004–05(исп.). Futbolme. Дата обращения: 21 января 2018. Fase de ascenso a Segunda División B 2004–05 (исп.). Futbolme. Дата обращения: 21 января 2018. Natxo González: José Ignacio González Sáenz: Matches 2005–06 (неопр.). BDFutbol. Дата обращения: 15 декабря 2017. Tercera División (Grupo 5) 2006–07 (исп.). Futbolme. Дата обращения: 21 января 2018. Fase de ascenso a Segunda División B 2006–07 (исп.). Futbolme. Дата обращения: 21 января 2018. Архивировано 20 июня 2017 года.
Tercera División (Grupo 5) 2007–08(исп.). Futbolme. Дата обращения: 21 января 2018. Fase de ascenso a Segunda División B 2007–08 (исп.). Futbolme. Дата обращения: 21 января 2018. Natxo González: José Ignacio González Sáenz: Matches 2008–09 (неопр.). BDFutbol. Дата обращения: 15 декабря 2017. Natxo González: José Ignacio González Sáenz: Matches 2009–10 (неопр.). BDFutbol. Дата обращения: 15 декабря 2017. Natxo González: José Ignacio González Sáenz: Matches 2010–11 (неопр.). BDFutbol. Дата обращения: 21 января 2018. Архивировано 15 декабря 2017 года.
Natxo González: José Ignacio González Sáenz: Matches 2012–13 (неопр.). BDFutbol. Дата обращения: 21 января 2018. Natxo González: José Ignacio González Sáenz: Matches 2013–14 (неопр.). BDFutbol. Дата обращения: 21 января 2018. Архивировано 15 декабря 2017 года.
Natxo González: José Ignacio González Sáenz: Matches 2014–15 (неопр.). BDFutbol. Дата обращения: 21 января 2018. Natxo González: José Ignacio González Sáenz: Matches 2015–16 (неопр.). BDFutbol. Дата обращения: 21 января 2018. Natxo González: José Ignacio González Sáenz: Matches 2016–17 (неопр.). BDFutbol. Дата обращения: 21 января 2018. Архивировано 15 декабря 2017 года.
Natxo González: José Ignacio González Sáenz: Matches 2017–18 (неопр.). BDFutbol. Дата обращения: 21 января 2018. Архивировано 15 декабря 2017 года.