В Томской области нет заповедников, имеются заказники:

• 15 зоологических заказников:
  • Томский
  • Верхне-Соровский
  • Иловский
  • Калтайский
  • Карегодский
  • Кеть-Касский
  • Мало-Юксинский
  • Октябрьский
  • Осетрово-нельмовый
  • Панинский
  • Першинский
  • Поскоевский
  • Тонгульский
  • Оглатский
  • Чичка-Юльский
• 3 ландшафтных заказника:
  • Ларинский
  • Поль-То
  • Васюганский^[1]
• 1 ботанический заказник:
  • Южнотаёжный

Из них Томский заказник имеет федеральное значение, остальные — региональное.

В Томской области насчитывается 145 памятников природы, из которых 69 расположены в Томском районе.

Ботанические памятники природы

• Кедровники:
  • Аксёновский кедровник
  • Базойский кедровник
  • Богашёвский кедровник
  • Бражкинский кедровник
  • Вороновский кедровник
  • Лучаново — Ипатовский кедровник
  • Катушевский кедровник
  • Кудринский кедровник
  • Лоскутовский кедровник
  • Мельниковский кедровник
  • Некрасовский кедровник
  • Кедровник у сёл Старая и Новая Ювала
  • Петуховский кедровник
  • Плотниковский кедровник
  • Губинский припоселковый кедровник
  • Зоркальцевский припоселковый кедровник
  • Ярской припоселковый кедровник
  • Протопоповский кедровник
  • Верхне-Сеченовский кедровник
  • Нижне-Сеченовский кедровник
  • Писаревский кедровник
  • Монастырский кедровник
  • Тызырачевский кедровник
  • Конининский кедровник на правом берегу реки Киргизка у деревни Конино
  • Магадаевский кедровник
  • Майковский кедровник
  • Брасовский припоселковый кедровник
  • Припоселковый кедровник у села Нарым
  • Припоселковый кедровник у деревни Нелюбино
  • Припоселковый кедровник у деревни Сурово
  • Припоселковый кедровник у деревни Туендат
  • Припоселковый кедровник у деревни Окунёвка
  • Припоселковый кедровник у деревни Нагорный Иштан, в пойме реки Оби у слияния с рекой Томь
  • Тымский припоселковый кедровник
• Боры, леса, рощи
  • Кудровский бор
  • Припоселковый сосновый бор у посёлка Белый Яр
  • Семёновский бор у 1 и 2 квартала Иннокентьевской дачи
  • Сосновый бор у деревни Вершинино
  • Никольский и Иринский боры
  • Берёзовая роща у села Пышкино-Троицкое
  • Компасский бор
  • Михайловская роща
  • Тунгусовская роща
  • Университетская роща ТГУ
  • Сосновый бор у села Победа
  • Пойменный смешанный лес по реке Басандайка
  • Смешанный лес на береговом склоне правобережья реки Томь у села Аникино
• Лесопарки
  • Басандайский лесопарк
  • Кожевниковский лесопарк
  • Припоселковый лесопарк у деревни Чердаты
  • Трубачевский припоселковый лесопарк
  • Лесопарк у деревни Киргизка
  • Сосновый лесопарк у с. Степановка
  • Припоселковый лесопарк у деревни Яр
  • Припоселковый лесопарк у села Яранка
  • Припоселковый лесопарк у деревни Семёновка
  • Лесопарк у бывшей деревни Ларино
  • Припоселковый лес у деревни Батурино
  • Лесопарк у села Нарым
  • Лесопарк в центре села Кривошеино
• Лесные дачи
  • Заварзинская лесная дача
• Припоселковые и городские парки
  • Корниловский припоселковый парк
  • Кузовлевский припоселковый парк
  • Колпашевский городской парк (кедровый)
  • Припоселковый лесопарк у деревни Халдеево
  • Припоселковый лесопарк у деревни Комаровка
  • Богашёвский припоселковый лесопарк
  • Лязгинский припоселковый лесопарк
  • Сафроновский припоселковый лесопарк
• Урочища
  • Лиственничное урочище
  • Чилинское урочище
• Острова
  • Остров липы
  • Острова лиственницы
• Болота
  • Болото Симоновское и Голубичное
  • Участок Бакчарского водораздельного болота
  • Болото в урочище Челбак
  • Игловский болотный массив
  • Пойменное болото «Симанский бор»
• Редкие виды
  • Древостой чёрного тополя
  • Береза кудрявая
  • Карагана кустарниковая
  • Можжевельник обыкновенный
• Степи:
  • Реликтовый участок степи
  • Фрагмент степи у села Уртам
  • Фрагмент степи у села Воронова
• Склоны
  • Белый яр у деревни Белый Яр (Каргасокский район)
  • Склон с реликтовой растительностью у села Коларово
  • Белоярская грива в верховье реки Лисица
  • Волков бугор в низовье реки Васюган

Водные памятники природы

• Болотные массивы
  • болотный массив у села Новая Успенка
  • болотный массив в 20 км от села Старая Берёзовка
• Долины рек
  • долина реки Малая Киргизка
• Минеральные источники
  • буровая скважина в селе Чажемто
  • буровая скважина в окрестностях села Тегульдет
  • источник «Капитоновка» в 1,5 км от села Вершинино
  • радоновый источник в окрестностях деревни Заварзино
  • минеральный источник «Чажемто» в селе Чажемто
  • минеральный родник у 81 км железной дороги Тайга — Асино
  • родник «Дальний ключ» в переулке Тихом в Томске
  • родник «Дызвестный ключ» в окрестностях села Батурино
• Озёра
  • Белое озеро в Томске
  • Большие Чертаны в Первомайском районе
  • Будеево озеро в селе Самусь (обычно называется озером Круглым)
  • озеро Кирек у посёлка Кирек
  • Песчаное озеро у села Тимирязевское
  • Сенная Курья на левом берегу реки Томи
  • Тургайское озеро в окрестностях посёлка Большой Кордон
  • Щучье озеро в 5 км от посёлка Большой Кордон
  • Первое Светлое озеро в Колпашевском районе
  • Голубое озеро в Александровском районе
  • озеро Паль-То в Каргасокском районе
  • Чёрное озеро в окрестностях деревни Песчаная (Томский район) — на самом деле рядом с бывшей деревней Песочная, это территория ЗАТО Северск^[2]
  • озеро Колмахтон в Молчановском районе
  • Мундштучное озеро в Каргасокском районе
  • Прогрессовский пруд в Молчановском районе

Геологические памятники природы

• Обнажения:
  • Лагерный сад
  • обнажение коренных пород у бывшей деревни Ларино
  • антиклинальная складка осадочных пород на правом берегу реки Киргизки в 0,5 км выше села Копыловка
  • Тунгусский Камень на правый берегу реки Малой Юксы, в окрестностях деревни Малая Антиповка
  • геологическое обнажение на правом берегу реки Большой Юксы, у посёлка Яринск
  • обнажение четвертичных песков и галечников на правом берегу реки Итатка, в окрестностях деревни Воронова Пашня
  • Каспаранский Яр на левом берегу реки Большая Киргизка, в 1 км выше деревни Реженка
  • Камень «Боец» в 2 км от деревни Ярское
  • Аникин Камень на границе Томской и Новосибирской областей
  • Киреевский Яр у села Киреевское
  • геологическое обнажение в устье реки Басандайки — «Голубые скалы»
  • Уртамовский Яр в окрестностях села Уртам
  • Вороновский Яр у села Вороново
  • обнажение Вертикос у села Вертикос
• Полезные ископаемые:
  • выход бурых углей на реке Большой Киргизке, у деревни Реженка
  • выход неогеновых глин Коньков Яр, по реке Васюган, выше села Новый Васюган
  • месторождение охры в окрестностях села Халдеево
  • месторождение минеральной краски «мумии» у села Халдеево, Баранцевская мельница
• Скалы:
  • Синий Утёс
  • известковая скала на реке Щербак у села Камень,
• Таловские известковые чаши

Зоологические памятники природы

• Место весенних жировок диких животных в устье реки Яя
• Поселение бобра речного на реке Икса
• Поселение алтайского сурка в окрестностях бывшей деревни Ларино
• Токовище глухарей в Тимирязевской лесной даче
• Поселение муравьев в Кисловском бору в 2 км от Дачного городка к деревне Кисловка
• Поселение бобра в окрестностях бывшей деревни Ларино

Примечания