Командующему войсками ЮВО подчинены все дислоцированные на территории округа воинские формирования видов и родов войск, за исключением Ракетных войск стратегического назначения, Войск воздушно-космической обороны, других частей центрального подчинения. Кроме того, в его оперативном подчинении находятся воинские формирования Внутренних войск МВД, Пограничной службы ФСБ, а также части МЧС и других министерств и ведомств России, выполняющие задачи на территории округа[2].
Главная задача войск и сил ЮВО — обеспечение военной безопасности южных рубежей.
Состав, организация и численность войск Южного военного округа
8-я отдельная гвардейская мотострелковая Чертковская дважды ордена Ленина Краснознамённая орденов Суворова, Кутузова и Богдана Хмельницкого бригада (горная) имени маршала бронетанковых войск М. Е. Катукова (с. Борзой, Чеченская Республика)
136-я отдельная гвардейская мотострелковая Уманско-Берлинская Краснознамённая орденов Суворова, Кутузова и Богдана Хмельницкого бригада (г. Буйнакск, Республика Дагестан)
1-я гвардейская ракетная бригада (г. Краснодар)
12-я ракетная бригада ( г. Моздок)
291-я артиллерийская бригада (ст. Троицкая, Республика Ингушетия)
943-й реактивный артиллерийский полк (п. Краснооктябрьский, Республика Адыгея)
573-й отдельный разведывательный артиллерийский дивизион(п. Краснооктябрьский, Республика Адыгея)
67-я зенитно-ракетная бригада (п. Спутник, г. Владикавказ)
234-я бригада управления (г. Владикавказ)
31-й инженерно-сапёрный полк (г. Прохладный, Кабардино-Балкарская Республика)
97-й отдельный батальон радиоэлектронной борьбы (г. Владикавказ)
78-я отдельная бригада материально-технического обеспечения (г. Прохладный, Кабардино-Балкарская Республика)
501-й отдельный батальон морской пехоты ( г. Феодоссия)
11-я отдельная береговая ракетно-артиллерийская бригада (п. Уташ, Краснодарский край)
15-я отдельная ракетная береговая бригада ( г. Севастополь)
1096-й отдельный зенитный ракетный полк (г. Севастополь)
4 -й отдельный полк РХБЗ ( г. Севастополь)
68-й отдельный морской инженерный полк (г. Евпатория)
475-й отдельный центр радиоэлектронной борьбы (г. Севастополь)
529-й Краснознамённый узел связи (г. Севастополь)
137-й разведывательный пункт (г. Туапсе, Краснодарский край)
102-й отряд специального назначения борьбы с противодиверсионными силами и средствами (г. Севастополь)
136-й отряд специального назначения борьбы с противодиверсионными силами и средствами (г. Новороссийск)
414-й отдельный батальон морской пехоты (г. Каспийск, Республика Дагестан)
727-й отдельный батальон морской пехоты (г. Астрахань)
46-й отдельный береговой ракетный дивизион (г. Каспийск, Республика Дагестан)
137-й отряд специального назначения борьбы с противодиверсионными силами и средствами (г. Махачкала, Республика Дагестан)[5]
На вооружении войск ЮВО имеется примерно 400 танков (поровну Т-72 и Т-90); около 1 тыс. БМП и БМД, примерно 250 колесных (в основном БТР-80) и до 800 гусеничных (МТЛБ и БТР-Д) БТР; до 450 САУ, примерно 250 буксируемых орудий, более 200 минометов, более 250 РСЗО (в том числе самые мощные РСЗО «Смерч» и единственные в ВС РФ новейшие РСЗО «Торнадо»); более 150 ПТРК; более 200 ПУ ЗРК войсковой ПВО (С-300В, «Бук», «Тор», «Оса», «Стрела-10»), более 50 ЗРПК «Тунгуска».
Группировка наземной ПВО на территории ЮВО включает лишь 3 зенитно-ракетных полка,[источник не указан 125 дней] причем один из них, на самом деле, аналогичен единственной в округе зенитно-ракетной бригаде сухопутных войск с ЗРК «Бук»[источник не указан 125 дней]. Для решения задач ПВО страны этот ЗРК не подходит. С другой стороны, один из двух «настоящих» зенитно-ракетных полков ЮВО (под Новороссийском) получил ЗРС С-400. Кроме того, в ЮВО (в Астраханской области) находится учебный центр боевой подготовки ЗРВ в Ашулуке, где есть два боеготовых дивизиона С-300П.
ВВС ЮВО включают 100 фронтовых бомбардировщиков Су-24, более 80 штурмовиков Су-25, около 100 истребителей (МиГ-29, Су-27, Су-30). Имеется очень мощная группировка армейской авиации, в которой более 100 боевых вертолетов (не менее 10 Ка-52, более 30 Ми-28Н, не менее 50 Ми-24/35), 12 тяжелых транспортных Ми-26, более 60 многоцелевых Ми-8/17.
В составе Черноморского флота имеются 4 подводных лодки (по одной пр. 877 и 641Б и 2 пр.636.3), флагманский гвардейский ракетный крейсер «Москва» пр. 1164, большой противолодочный корабль «Керчь» пр. 1134Б, три сторожевых корабля (по одному пр. 01090, 1135 и 1135М), пять малых противолодочных кораблей (МПК пр. 1124М и один пр. 1124), шесть малых ракетных корабля (по два пр. 1239 ,пр.21631 и 12341), пять ракетных катеров (один пр. 12417, четыре пр. 12411), одиннадцать тральщиков, семь больших десантных кораблей (три пр. 1171, четыре пр. 775).
В состав Каспийской флотилии входят два сторожевых корабля пр. 1661 (второй из них, «Дагестан», вооружен ракетным комплексом «Калибр-НК», способным наносить удары по надводным и наземным целям), три малых ракетных корабля пр. 21631(каждый может нести до 8 ракет типа "Калибр" или "Оникс"), три малых артиллерийских корабля пр. 21630, один ракетный катер пр. 12412, три ракетных катера пр. 206МР и два пр. 1241 (один из которых переделан в артиллерийский), четыре бронекатера пр. 1204, семь тральщиков, шесть десантных катеров[6].
Насчитывают 26,5 тысячи человек, 700 бронетранспортёров и боевых машин пехоты, вооруженных крупнокалиберными пулемётами и артиллерийскими орудиями, калибром до 100 мм. В 2010 г. на базе обон в ст. Наурская ЧР создан артиллерийский полк, на вооружении которого 122 мм гаубицы Д-30. Дислоцируются части ВВ во всех регионах Южного военного округа. Оперативно подчинены ЮВО.
47-я отдельная бригада оперативного назначения (до января 2002 г. 2-я дивизия оперативного назначения (г. Краснодар) в/ч 3702, включая 244-й отдельный батальон связи, в/ч 3774);1923 чел., 34 БМП)
49-я (до января 2002 г. 99-я) дивизия оперативного назначения (г. Владикавказ) в/ч 3748 (включая 243-й отдельный батальон связи, в/ч 3773, 674-й полк оперативного назначения, г. Моздок, в/ч 3737, 121-й полк оперативного назначения (в/ч 3723, г. Нальчик)
100-я дивизия оперативного назначения (г. Новочеркасск). Дивизия состояла из 3-х полков оперативного назначения, танкового полка, который в дальнейшем был сокращён до танкового батальона, воинских частей обеспечения. Зимой 2006 года дивизия была переформирована в 50-ю отдельную бригаду оперативного назначения , один полк оперативного назначения переформировали в специальный моторизованный полк, танковый батальон был сокращён в полном составе, 4-й отдельный артиллерийский дивизион был передан в состав 46-й отдельной бригады оперативного назначения. В июне 2011 года 50-я отдельная бригада оперативного назначения переформирована и значительно сокращена (сокращён инженерно-сапёрный батальон, отдельный батальон материального обеспечения, 3 оперативных полка, батальон связи
22-я отдельная бригада оперативного назначения (г. Калач-на-Дону, в/ч 3642) — 1871 чел., 31 БМП
127-й специальный моторизованный полк («олимпийский») (г. Сочи), в/ч 3662
139-й специальный моторизованный полк (бывший 377-й отдельный батальон оперативного назначения, бывший 66-й полк оперативного назначения) (г. Краснодар), в/ч 3703
390-й специальный моторизованный батальон (Волгоград), в/ч 7461
Так же в составе регионального командования имеются воинские части по охране важных государственных объектов, учебные центры по подготовке различных специалистов, два госпиталя (г. Пятигорск, г. Новочеркасск) и полк охраны и обеспечения управления Северо-Кавказского регионального командования Внутренних войск.